神奈川新机场被用面具遮住脸的武装团体“兽”占据。再次被卷入事件的武藏，神医向1年前的事件以来，神医休职中的管理官·和泉樱请求协助。情报分析官志摩和新的朋友也加入其中，从机场救出人质，“消灭”比前作的“鬼”更危险的“兽”。另一方面，在横浜湾医院握手术刀的武藏的妻子心脏内科医生裕子也被卷入了某 个事件。解救人质的期限只有一天。“兽”们的真面目、目的、还有武藏家的命运是什么呢?