某天，赤裸柯南因感冒在家休息，赤裸期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
谷村新司
回复 :第三季结束的两年后，卡勒姆依然因为瑞拉的离开而无法释怀。与此同时，克劳迪娅复活了父亲威伦，神秘的摘星精灵阿拉沃斯又有何种计划？
玛蒂娜麦克布莱德
回复 :黑魔王从星际监狱逃脱了！他魔王重获自由的第一件事，就是直捣星际判官的家，报当年被判入狱之仇，星猫眼睁睁地看着父母在战斗中，掉进无垠的银河深处。为了拯救父母，惩罚黑魔王，星猫决定跟好友小卷，一路尾随黑魔王的足迹来到了地球。
红白梅
回复 :贼贼猫归隐山林后，过了几年，猫王小气猫又想攻打鼠国……猫国动员了十个军团的庞大兵力，前来进攻鼠国。.很快就打下了鼠国的要塞雷云关，鼠王吓的想要投降，福福鼠和他的朋友们决定和猫国决战。经过研究，他们认为猫国的军队数量虽然多鼠国三倍多，但他们有很多缺点。福五鼠决定运用孙子兵法的谋略，决定在锁龙山的困龙谷埋伏，歼灭猫国军团。
