柯南和小五郎等拉着大队，毒咒来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，毒咒大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :故事发生在一间名为“GLASS STUDIO AMATO”的玻璃工坊，在这里坐镇的，是拥有丰富经验的吹玻璃手艺人小松诚二（日野聪 配音），虽然小松吹制玻璃的手艺十分高超，但地处偏远的工作室鲜少有客人拜访，这令小松感到十分困扰。除了小松外，这里的长住客还有一只名为穆柯（吉田仁美 配音）的柴犬，它拥有着光亮滑润的皮毛和闪闪发光的鼻子，每天元气满满的上蹿下跳。穆柯和小松之间的关系十分亲密，小松信赖这位对自己悉心照料的主人，总希望有一天主人也能够变成小狗，走进自己的世界。除此之外，外表恐怖内心温柔的网页设计师牛岛厚平（间岛淳司 配音），酒吧老板棒田先生（藤原启治 配音）和他的女儿玲奈（上坂堇 配音）都是穆柯的好朋友。
回复 :大大的脑袋，顶着三根头发，普通人家的小孩三毛原本拥有幸福的童年，然而战争却让他沦为无依无靠的孤儿。没有父母的孩子连黄狗、乌鸦都欺负得，危难时刻他得到了善良的打鱼老伯的救助，体会到了久违而短暂的幸福。好景不长，恶霸抢走他们的劳动果实，匪兵又残忍枪杀老伯。可怜的三毛再度沦为孤儿，在坟头跪别老伯后，瘦小的男孩漫无目的行走，辗转便来到了大都会上海。他梦想能在这座富庶先进的大城市里吃饱饭，可是此刻正值军阀、投机商人、大资本家、外国人、青帮流氓、骗子横行的旧社会，等待他的将会是什么……本片根据著名漫画家张乐平同名连环画改编。
李明育
回复 :故事穿越了多个不同的空间，从主角星猫所在的天神星到12星座战士的不同领地，空间的交换带动着整个故事情节的发展。
