晴朗时节，欧美江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、欧美小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
关咏荷
回复 :胜改藏（樱井孝宏 配音）曾经是人人羡慕的天才少年，然而，一场意外让他变为了神神叨叨的呆瓜，某日，就读于县立虎马高中的改藏被一尊人体模型砸晕，醒来时发现自己正被一群科学部的同学们团团围住，敏感的他坚信自己已经成为了改造人，于是决定加入科学部，为了保卫世界而和平而展开战斗。名取羽美（喜多村英梨 配音）是造成改藏现状的罪魁祸首，然而，羽美对于自己的所作所为毫不在意。爱财如命的御姐彩园铃（丰崎爱生 配音）、懦弱不幸的坪内地丹（斋藤千和 配音）、身患“绝症”的山田（堀江由衣 配音），在这些千奇百怪的朋友们的陪伴下，改藏的非日常就此展开。
朱卫茵
回复 :逢泽驱（三瓶由布子 配音）和逢泽杰（福山润 配音）是血浓于水的亲兄弟，两人之间的感情非常的要好。阿杰拥有着杰出的运动天赋，是日本少年队里的王牌选手。阿驱虽然也对足球有着非凡的热爱，但童年时代的经历让他不愿意在别人的注视下踢球，而是选择在夜晚无人的公园里反复练习。升入高中后，阿杰顺理成章的加入了足球部，而阿驱则成为了足球部的经理，以左膀右臂的身份支持着哥哥。在一场严重的交通事故中，阿杰和阿驱双双身受重伤，在这性命攸关的紧要关头，为了救弟弟，阿杰选择将自己的心脏移植给了阿驱，从此之后，阿驱背负上了阿杰的遗志。
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