柯南和小五郎等拉着大队，弹力来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，弹力大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :真历17年，第三银河帝国正式创立。地球上占七成人口实现外星移民，而人类社会也分裂成幼军政府成立的多尔西亚军邦和扩大贸易协定的环大西洋条约组织ARUS。两大势力此消彼长，纷争不断。在此期间，崇尚和平的中立国家迪奥尔独善其身，却不免被卷入战火的命运。在平静的一天，迪奥尔星遭 到多尔西亚突袭。性情温和的少年时缟晴人（逢坂良太 配音）目睹心仪的女孩指南翔子（濑户麻沙美 配音）被炮火埋葬，悲愤之际登上了意外从校舍下方突出地面的神秘机器人Valvrave，并以雷霆万钧之势击败对手。在此之后，晴人被世人奉为偶像和英雄，但他的身体也发生奇怪突变，一度和多尔西亚的一人旅团少年艾尔艾尔弗（木村良平 配音）交换身体。战火并未就此停止，多尔西亚的攻势仍在继续，而Valvrave的秘密还未完全揭开……
回复 :真历71年，挺过了多尔西亚攻击的77模组终于抵达月球，而他们也目指近在咫尺的地球，渴望回到吉奥尔人的故国。随着操控Valvrave的次数不断增多，时缟晴人（逢坂良太 配音）饱受符文力量的折磨，最终他和艾尔艾尔弗（木村良平 配音）缔结契约，决心背负着诅咒走到战争的尽头。此后不久，晴人和流木野咲（户松遥 配音）、犬冢久间（小野友树 配音）、山田雷蔵（中村悠一 配音）、连坊小路里见（浪川大辅 配音）、连坊小路晶（悠木碧 配音）驾驶各自的Valvrave成功抵达地球，然而相关数据的偏差却让他们深陷多尔西亚大军的重围。悲剧的战争与宿命，少男少女充满血和泪的革命之路……
回复 :故事穿越了多个不同的空间，从主角星猫所在的天神星到12星座战士的不同领地，空间的交换带动着整个故事情节的发展。
